传递窗的工作原理主要有以下几种类型:
普通传递窗
机械互锁原理:通过机械结构实现两门的互锁，当一扇门打开时，另一扇门的锁具会被机械装置锁住，无法打开，只有当这扇门关闭后，另一扇门才能开启，从而保证两侧空间不会直接连通，防止交叉污染.
气密保护原理:传递窗的门与箱体之间安装有密封条，能够有效密封，确保传递窗关闭时的气密性，防止外部未经过滤的空气进入洁净区.
风淋式传递窗
空气净化与吹淋原理:在传递物料时，顶部的风机将经过高效过滤器过滤后的洁净空气吹出，形成高速气流，对放入传递窗内的货物表面进行吹淋，吹除货物表面的尘粒，使物品在进入洁净区前得到初步净化，防止物品可能携带的尘埃等污染物进入洁净室.
气闸保护原理:风淋式传递窗在工作时，两侧门可以根据实际情况选择打开或关闭，但由于有洁净气流的存在，其起到了气闸的作用，即使外侧门打开，洁净气流也能阻止室外的非洁净空气进入室内，保证洁净室的洁净度.
自净式传递窗
空气循环净化原理:空气经粗效过滤后，由低噪音离心风机压入静压箱，再经高效过滤器均压以后，以均匀的风速通过工作区，形成高洁净度的工作环境，使传递窗内的空气不断循环净化，保持内部空气的洁净度，有效去除空气中的尘埃颗粒、细菌等污染物，从而对放入的物品进行持续净化.
联锁及杀菌原理:同样采用机械互锁或电子互锁装置，确保两门不能同时打开，防止交叉污染 。并且，有的自净式传递窗还配备紫外线杀菌灯，当门关闭时可自动开启，对传递窗内部空间及物品表面进行杀菌消毒，进一步提高传递物品的洁净度.
消毒传递舱（VHP 传递窗）
过氧化氢汽化与扩散原理:首先利用高温等方式将液态过氧化氢蒸发汽化，使其由液态转化为气态，转化后的气态过氧化氢在传递舱内均匀扩散，确保舱内各个角落都能达到有效的灭菌浓度.
微生物杀灭原理:气态过氧化氢具有强氧化性，能够破坏微生物的细胞结构，从而达到杀灭微生物的目的，可有效杀灭包括细菌、真菌、病毒等在内的各种微生物，实现对物品表面和空气中微生物的高效灭菌.
通风排残原理:灭菌完成后，传递舱会进行通风排残操作，通过专门的通风系统将舱内残留的过氧化氢气体排除干净，使过氧化氢气体浓度降低至安全水平，确保后续使用的安全性.