水平流超净工作台的工作原理如下:
室内空气首先进入预过滤器进行初滤，预过滤器可以过滤掉空气中较大的颗粒，如灰尘、毛发、纤维等，起到初步净化空气的作用，保护后续的高效过滤器，延长其使用寿命。
经过初滤的空气由小型离心风机压入静压箱，静压箱的作用是使空气在进入高效过滤器之前能够均匀分布，确保过滤效果的一致性。然后空气再进入空气高效过滤器进行二级过滤，如 HEPA（高效颗粒空气过滤器）等，这些过滤器对于直径为 0.3 微米及以上的颗粒，其过滤效率可高达 99.99% 以上，能够捕捉和去除微小的微粒，确保空气中的颗粒物质保持在可接受水平。
从空气高效过滤器出风面吹出的洁净气流具有一定的和均匀的断面风速，在台面内部工作区域呈水平方向将洁净气流送出，排除工作区原来的空气，将尘埃颗粒和生物颗粒带走，以形成无菌的高洁净的工作环境。